黑衣组织的剧情大略介绍：第04卷至第06卷
第04卷：
A
动画第129集来自黑衣组织的女子大学教授事件，本书是第04卷第0628章开始。
琴酒的话，石峰保全并不全信，而组织做出的事情明显是针对美好心情财团。
作为回礼，山崎决定夜探基地，不过那里已经人去楼空，而在回来的路上，遇上了一个小女孩，一个人走在路上。
那其实就是雪莉，组织打算把她运走，拿她当小白鼠，她吃下了Aptx4869，结果变小了，逃了出来。
山崎请她上车，她就上了车，然后说是阿笠博士家亲戚的孩子，她在调查工藤新一时，曾经向石峰保全买过阿笠博士的资料，所以在山崎面前说起来，没有破绽。
山崎视她为逃家的问题儿童，没有多管就把她送到阿笠博士家。
阿笠博士收养了灰原，她成为帝丹小学的学生。
灰原把一个用于家居清洁的化学药剂专利交给阿笠博士授权给美好心情财团第一实验室（宫本美子为了保护阿笠博士，让他加入的，不过只是挂名），年收入至少过亿日元，但仍然不够用（灰原的奢侈品也花费巨大）。
灰原借用对面浅井家的地下实验室，帮助浅井香打工做基因克隆方面的实验（浅井香知道柯南是工藤新一，知道灰原与柯南一样，但不知道灰原是雪莉。）
柯南与灰原相遇，假的钱事件后，调查灰原给她姐姐的软盘，但没有发现，因为是证据，警方对软盘进行了检查，而软盘里的电脑病毒就此进入了警视厅的计算机系统潜伏下来。
灰原也想明白了，原来是她害死了她姐姐，也害了她自己，是她错把装有数据的软盘交给宫野明美，令组织确认雪莉背叛，所以不再怜惜她的才华，对她和她姐姐痛下杀手。
B
动画第163-164集月亮、星星与太阳的秘密，本书是第04卷第0722章开始。
犯人奥田伦明无罪，因为他的假钱已经退出流通很久了，他对米国有仇恨，后来被贝尔摩德利用成为杀人棋子，杀了整队的调查局人员。
……
第05卷
A
动画第176-178集与黑衣组织的再会，本书是第05卷第0751章开始。
皮斯可事件，灰原被抓，喝酒变大后爬上天台，琴酒赏了灰原四颗子弹，在四肢的关节处，柯南救下灰原，通过窃听眼镜听到琴酒杀死皮斯可，但没有听完。
由于贝尔摩德化装成了皮斯可，所以柯南也不知道谁死了。
皮斯可会死，一是因为岛国经济巨变，手中产业亏损，他本人能力不足，但又占着位置不放，二是训练营，也就是沼渊己一郎，正在组织的追杀下，破坏组织地下网络，而这样的人居然是废物，说明皮斯可连识人的本事都没了，手中系统僵化无能，已经没有了价值，该消失了。
后来，贝尔摩德装扮的皮斯可，把他的生意转出去，然后全家乘游艇出海去澳洲，在暴风雨中遇上海难，全家死光。
皮斯可控制的是汽车租赁业务，琴酒的爱车就是通过他的公司进行各种年检保险等，否则琴酒的车子根本开不上路，一上路就被交通警察盯死了。
而至此，琴酒等人慢慢开始响应贝尔摩德的建议，化妆出行，使用普通不显眼的车子。
B
动画第188-193集危命的复活，本书第05卷第0770章开始。
柯南变工藤，山崎帮他善后，为了工藤的安全，本来想把工藤圈禁起来，但他又变小了，也就放弃了。
C
剧场4瞳孔中的暗杀者，本书是第05卷第0787章开始。
本来只是相对简单的事件，贝尔摩德利用卖给犯人风户京介的武器做文章设了个大局，牵涉出了海上保安厅丢失武器，利用人事调动下了盘大棋，埋下棋子的同时，重新建立起了一个进出口的犯罪网络。
（这一点是宫本美子和山崎的猜测，并没有证实，因为无法证实，也不知道是谁，到底有没有人布局。）
D
动画第209集龙神山坠崖事件，本书第05卷第0823章开始。
由于组织没了自营码头，不能运输脏车，所以把赃车藏在山中，于是有了这个事件，由于是外围，所以柯南没有收获。
柯南并不知道这与组织有关，不止是这个，很多事件都不知道，他的对手就是他要找的。
……
第06卷
A动画第219集被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德，本书第06卷第0847章开始。
传说中的Boss乌丸家事件，虽然经作者证实了，不过本人认为横浜雨中楼事件中的那个年轻侦探才是。
B
动画第226-227集格斗游戏的陷阱，本书第06卷第0867章开始。
因为美好心情财团壮大，没有任务的茱蒂变成帝丹老师，接近山崎和美黛子。
C
动画第230-231集神秘的乘客，本书第06卷第0871章开始。
贝尔摩德并没有变成新出明智，也没有暴露身份，而大明星莎隆和她女儿都在活跃着，跟贝尔摩德有没有关系，仍然是一个迷团，从证据上并没有关系。
贝尔摩德在玩，逗调查局玩，顺便布杀局。
D
动画第0240-0241集新干线护送事件，本书第06卷第0891章开始。
犯人背后的药物贩子与黑衣组织有关，利用车辆夹带违禁药物。
E
剧场5通往天国的倒计时，本书第06卷第0915章开始，至第0933章。
（本卷开始有游戏，如果给阅读带来不便，很抱歉，只能说以后尽量凑整章。）
贝尔摩德收了原佳明，而炸毁大厦的目的是掩藏常盘主机数据，他们用来入侵美好心情财团主机，以及制造茧游戏的辛德拉集团主机。
本书中辛德拉集团很强大，它拥有虚拟现实这种黑科技，可以想象出它是多么重要了。
F
动画第258-259集来自芝加哥的男子，本书第06卷第0988章开始。
詹姆斯过来了，顺便保护朋友马戏团老板，本书中犯人想杀了詹姆斯装作送去就医，詹姆斯放倒了他们。
……
就是这些。