1月8日，星期一，下午，帝丹小学。
光彦和元太在走廊上追逐的时候撞上了一个胡子拉碴的大叔，元太被撞倒在了地上，而那个大叔一句话也没有说，就匆匆忙忙的跑了。
“没事吧，元太？”
“这人真没礼貌，撞到人居然都不道歉。”
“以前没见过他，应该不会是新老师吧？”
元太和光彦说话间，发现远处有人围观什么事情，立刻跑去看热闹，得知原来是生物室的一块珍贵的石头被偷。
元太兴奋起来了，“光彦，刚才那个大叔啊。”
“啊？”
“你还没明白过来啊？他一定就是偷走石头的人。”
“真的会是这样吗？”光彦深感怀疑，因为再怎么说，这里也是上学时间啊，门卫不会让人随随便便的进来。
“一定没错，所以他才要慌张地逃跑。”元太把光彦拉走了，“少年侦探团出发！”……
另一边，步美带着柯南找到了1年级A班，图书的卡片上，最后一个借书的人是这个班上的内藤司。
步美随便找了女生问了一下，得知内藤司没有来，好像连假都没请。
不过，女生见过内藤司在看这本冒险书，放学了以后还在看。
没有线索，步美不依不饶的决定去内藤司家去看看，地址就在通讯录上。
柯南觉得头都大了，无精打采的跟在后面。
走廊上的喧闹，引起了两人注意，看许多同学和老师在围观，其中还有小林老师，两人跑了过去。
柯南问道：“出了什么事情，小林老师？”
小林老师担心道：“事情是这样的，学校向米花博物馆借的展览品再来石被人偷走了，那可是从小行星上带回地球的珍贵标本呢。”
“哇，从宇宙中来到地球的再来石，”步美笑道，“跟这本书里的宝物一样呢，肯定也有神奇的能力吧。”
“没有那种事情啦。”小林老师苦笑道。
柯南看着现场，那砸陈列柜玻璃取物，一点也不专业的手法，心中一动，“步美，让我看看你的这本书。”
“给。”步美递上。
柯南翻了一下，书中是说，一个叫亚雷库的男孩，有一天他的宝贝口琴不见了，他就跑去问知识渊博的海龟先生，海龟先生告诉他，如果能找到再来石，就能把失去的东西找回来，要找到这块石头，必须拥有善良的心和勇气。
亚雷库很努力，终于找到了再来石，最后他把再来石高举向天空，丢失了的口琴就从天上缓缓落下了。
小林老师在柯南翻看的时候也看到了，意识到一个问题，哭笑不得，“难道说有人……”
“很难说。”柯南说道，“老师，我们要出去一下。”
小林老师很意外，“已经知道是谁了吗？”
“也许。”柯南点头道。
小林老师说道：“那我陪你们去好了。”
柯南说道：“没事的，我们是去1年级A班的同学家。”
“是内藤司同学，就在附近，他家开了一个小店，叫做内藤烧鸟。”
步美不太明白小林老师和柯南在说什么，不过这个听懂了，所以做了补充。
柯南说道：“还有，老师这样的大人过去的话，那孩子会不自在的。”
“说的也是，那好吧，你们路上小心。”小林答应了，不过心里冒出另一个念头，像侦探一样跟踪保护。……
另一边，元太和光彦追着那个胡子拉碴的大叔，一路到内藤烧鸟。
两人凑头在门缝处观望，结果被发现了。
两人吓得想跑，却被邀请了。
“你们是小司的朋友吗？进来吧。”……
不久之后，柯南和步美找来了，看到伏案大嚼的元太和光彦，两人有点傻眼，而元太和光彦也是同样。
内藤老板说道：“你们也是小司的朋友吗？进来吧，尝尝我家的烧鸟。”
柯南问道：“叔叔，关于小司没去学校的事老师联系过你吧？”
内藤老板没说话，元太和光彦两人插嘴，说了在学校撞见他，然后跟来的事情。
柯南说道：“就是说，叔叔你也不知道小司去哪里了？”
光彦问道：“叔叔，你就不担心他吗？”
内藤老板怒目相视，光彦吓得冒冷汗，不过仍然强撑住了：“虽然是我们误解你才跟踪到这里，又在这里大吃大喝的，但知道实情后那就是另一回事了。”
内藤老板声音低沉，“很快就要开门了，我可是很忙的。”
步美问道：“那阿姨不来帮忙吗？”
元太笑道：“我们家的小酒馆，可是全家上阵哦。”
“这和你们无关！”内藤老板发脾气的大喝道。
元太、步美、光彦都吓得不敢说话了，柯南却不在乎，“叔叔，可以让我们去小司的房间看看吗？可能会找到些线索，叔叔你也很担心小司的，不是吗？”
内藤老板扫视四人，然后低头继续干活，不过嘴上说道：“你们自己去吧，就在后面，从那边的侧门。”
“谢谢大叔，我们一定会找到小司的。”柯南带头撤退了。……
内藤司的家。
看着家中供奉的牌位，一个女子，柯南猜测出了全部的事情。
内藤司在看了冒险故事以后，又看到了学校里的再来石，所以就把书中最后一页，画着召唤阵的图画撕了下来，然后去抢走了再来石，目的是打算召唤他妈妈。
而内藤司现在，一定在某个海滩处，因为图书中的事情就是在海滩发生的。
四人搜索各个房间，根据一个房间书桌上的物品，确认了内藤司的房间。
柯南发现，书桌下的垃圾桶中，有张长长的纸条，一侧光滑，一侧参差不齐。
柯南把纸条拿出来和图书最后一页上那被撕过的痕迹对比，两个参差不齐的断面，果然可以吻合。
步美说道：“这就确定了，小司就是撕书的人，他把这一页拿回来之后，用剪刀把多余的部分剪掉了。”
光彦问道：“撕书？这是为什么？”
元太笑道：“那还用说，一定是为了恶作剧。”
“不，”柯南拿起书桌上的相框，“是为了这个人。”
“啊，我知道了，”步美击掌道，“他一定是想用再来石召唤他妈妈。”
“再来石？”
“召唤？”
元太和光彦面面相觑，这完全不现实啊。
“是这样的。”步美把图书中的故事说了一下，还有学校被抢的石头叫做再来石。
然后，不等步美说，光彦和元太也都明白接下来的事情了。
在学校偷再来石的就是内藤司，而他是为了复活他妈妈。
而趁他们说话，柯南搜索了房间，在相册里看到了海滩，还找到一个暗号似的纸条。
螃蟹先生，咔嚓咔嚓，桔子是布，石头的青虫，布，剪刀。
柯南决定让同伴动动脑筋，而光彦由扮螃蟹搞怪的元太身上，找到了灵感。
暗号是指去海滩的途径，螃蟹是指电车，咔嚓咔嚓是指四站，剪刀、石头、布是指划拳的手形，是数字。……
四人赶去米花站，根据桔子选定换乘车辆的颜色，再以此决定是哪条电车路线。
但正好，选定的电车路线，往上往下两个方向的第四站都连接桔色的电车。
“为什么螃蟹要加先生呢？”
“啊，我知道了是谐音，是指乘三号线，哦不，是指上行线。”
在柯南的提示下，光彦反应过来。……
四站之后换乘，根据桔子是布，换乘桔色电车，乘坐五站后下车。
没有找到可以换乘的青色电车，但发现了巴士终点站，而且是青色的巴士，正符合青虫的形象，而拳头是零，也符合终点站。
还有，暗号的最后是布，剪刀，加起来就是七，而七站之后正好是一个海滩。……
等四人到达海滩，时间已经到了傍晚前，太阳进入下山阶段。
站在岸堤上望去，夕阳下，一个孩童一个人抱膝坐在海滩上发呆，孤单的让人心痛。
四人跑了过去，柯南和步美自报姓名，本打算说书页和石头的事情，但元太和光彦两人因为夕阳西下的海景而兴奋的拉着内藤司玩相扑，那块珍贵的石头，就那样丢在了地上。
“真是太好了。”步美高兴的拍手。
“是啊，先让他玩个痛快吧。”柯南决定还是以后再说。
“柯南也很体贴呢。”步美贴紧柯南。
柯南很尴尬，挪开了一点。
这时，路过的一辆面包车中，内藤老板伸头出来，“小司。”
“爸爸？”内藤司愣了。
内藤老板把车停在堤岸上，跑下海滩，一把抱住了内藤司，父子俩的眼泪一时都流了出来。
拥抱了片刻，两人分开。
“爸爸，你不要开店吗？”
“没关系的，没关系的。”
内藤司低头认错，“对不起，爸爸，我以为只要来这里，就能够见到妈妈了。”
“我知道，它已经告诉我了，对不起，小司。”内藤老板亮出一条白巾，上面有编织着一个公益广告标语，说的就是这个海岸，让人不要乱丢垃圾。
这时，元太的肚子叫了，“啊，我肚子又饿了，叔叔再让我们吃烤鸡肉串吧。”
光彦说教道：“够了吧，元太。”
内藤老板笑道：“没关系，小司今后也要拜托你们了。”
“嗯，交给我们吧。”步美笑道。
“走，跟我回去。”内藤老板笑道。
“等等，还有一个人。”柯南大喊道，“出来吧，小林老师，你也不想坐出租车回去吧。”
“小林老师也来了？”元太、步美、光彦三人东张西望。
柯南笑道：“嗯，保护我们的安全，顺便做了一回侦探。”
说话间，小林老师从楼梯后走了出来，沙滩与岸堤的楼梯。
元太、步美、光彦三人兴奋的冲了上去，带着有点不好意思的小林老师走了过来。
小林老师和内藤老板互相自我介绍，然后众人在内藤老板的邀请下，乘坐他的面包车回内藤鸟烧吃晚餐。……